Muzeum powołało Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Gdańsku uchwałą nr 62/XIII62.
Było to wynikiem wieloletnich starań byłych więźniów, ludzi nauki, mediów i kultury. Funkcję dyrektora powierzono historykowi Tadeuszowi Matusiakowi.

Pracownicy merytoryczni Muzeum rozpoczęli spisywanie relacji byłych więźniów. Przez kolejne lata zebrano je w 27 tomach.

Przed wjazdem do Muzeum ustawiono betonowy monument zwany popularnie „Akcentem Wjazdowym” Zaprojektował go Wiktor Tołkin. Obelisk oprócz funkcji upamiętnienia jest też swego rodzaju drogowskazem.

Na terenie, na którym znajdował się Nowy Obóz postawiono kamienne bloki w miejscach, gdzie stały baraki zniszczone w końcowej fazie istnienia obozu i w okresie powojennym.

Z okazji 23 rocznicy wyzwolenia obozu odsłonięto pomnik autorstwa Wiktora Tołkina. W uroczystości wzięli udział przedstawiciele władz, młodzież i mieszkańcy województwa gdańskiego. Pomnik składa się z dwóch części. Pionowa symbolizuje walkę a pozioma męczeństwo.

W miejsce odchodzącego z funkcji dyrektora Tadeusza Matusiaka powołano Mirosława Glińskiego, który wcześniej kierował Działem Naukowo – Badawczym w Muzeum.

W miejscu, w którym na przełomie 1944/1945 r funkcjonowało polowe krematorium ustawiono upamiętnienie i tablicę informacyjną.

Na stanowisko dyrektora Muzeum powołano Janinę Grabowską absolwentkę Wydziału Historii Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku, która pracowała w Dziale Naukowo – Badawczym Muzeum Stutthof.

Pomiędzy krematorium i komorą gazową ustawiono Krzyż Pamięci Męczeństwa Chrześcijan w KL Stutthof. Miejsce ustawienia krzyża nawiązuje do pierwszej odprawionej w 1947 r. mszy.

Po przejściu na emeryturę Janiny Grabowskiej – Chałki nowym dyrektorem został Romuald Drynko, który wcześniej był jego wicedyrektorem.

W listopadzie 2007 roku na stanowisko dyrektora Muzeum Stutthof powołano Piotra Tarnowskiego, który wcześniej pracował min w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów i Ministerstwie Kultury i Dziedzictwa Narodowego zajmując się m.in. sprawami muzeów martyrologicznych i Miejsc Pamięci.

Decyzją Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego pełna nazwa Muzeum to Muzeum Stutthof w Sztutowie. Niemiecki, nazistowski obóz koncentracyjny i zagłady (1939 – 1945), a nazwa skrócona Muzeum Stutthof w Sztutowie.