Pierwszym transportem przywieziono przedstawicieli duchowieństwa, nauczycieli, członków Związku Zachodniego oraz Ligi Morskiej i Kolonialnej, przedstawicieli polskich stronnictw i partii politycznych, urzędników oraz zaangażowanych w działania na rzecz polskości na terenie Wolnego Miasta Gdańska i Pomorza Gdańskiego, łącznie około 150 osób. Wielu z nich zginęło podczas dwóch egzekucji 11 stycznia i 22 marca 1940r.

Wizyta miała na celu sprawdzenie czy Stutthof może otrzymać status państwowego obozu koncentracyjnego.

Oficjalne włączenie obozu w struktury państwowe i poddanie go pod zarząd Inspektoratu Obozów Koncentracyjnych.

Krematorium wybudowano kiedy obóz zaczął się rozrastać i zwiększyła się liczba więźniów a tym samym zgonów, miało najpierw jeden piec, później dostawiono dwa następne.

Nowy Obóz powstał w wyniku planu rozbudowy w związku ze zmianą statusu na obóz koncentracyjny. Przewidziano w nim 30 baraków mieszkalnych dla 25 tysięcy więźniów, łaźnie, magazyny i kuchnię, oraz koszary dla wartowników.

Wybudowana w pobliżu krematorium na początku do celów dezynfekcyjnych a od połowy 1944 r do uśmiercania więźniów.

W związku z tą decyzją do obozu zaczęły napływać duże transporty więźniów żydowskich. Ocenia się, że z około 50 tysięcy Żydów uwięzionych w obozie Stutthof 27 tysięcy nie przeżyło.

Rozkaz o ewakuacji więźniów z obozu Stutthof odczytano 25 stycznia 1945 roku na porannym apelu . Ze względu na tragiczne warunki i skutki ewakuacja zyskała nazwę Marszu Śmierci.

Wobec zbliżania się Armii Czerwonej komendant obozu Paul Werner Hoppe przekazał swoje obowiązki dowódcy kompanii wartowniczej Paulowi Ehle, a sam z częścią załogi opuścił obóz.

Ewakuacją drogą morską objęto wszystkich zdolnych do samodzielnego poruszania się więźniów. Ich celem były porty w północnych Niemczech. Część ewakuowanych dotarła na tereny Niemiec a część została podjęta na Bałtyku głównie przez jednostki duńskie i szwedzkie. Ocenia się, że na ponad 9 tysięcy ewakuowanych 50 % nie przeżyło.

Rankiem 9 maja na teren opuszczonego przez Niemców obozu weszli żołnierze 48 Armii 3 Frontu Białoruskiego wyzwalając grupę około 150 więźniów, którzy się na jego terenie jeszcze znajdowali.