Das Museum wurde auf Beschluss Nr. 62/XIII62 des Präsidiums des Woiwodschaftsrates der Volksvertretung in Gdańsk gegründet. Es ist das Ergebnis jahrelanger Bemühungen ehemaliger Häftlinge und von Personen aus Wissenschaft, Medien und Kultur. Die Aufgabe des Direktors wurden dem Historiker Tadeusz Matusiak übertragen. 

Die Mitarbeitenden des Museums begannen mit der Aufzeichnung der Berichte ehemaliger Häftlinge. In den folgenden Jahren wurden sie in 27 Bänden gesammelt. 

Vor dem Museumseingang wurde ein Betonmonument aufgestellt, das im Volksmund als „Akcentem Wjazdowym“ („Eingangsakzent“) bezeichnet wird. Es wurde von Wiktor Tołkin entworfen. Der Obelisk hat nicht nur eine Gedenkfunktion, sondern ist auch eine Art Wegweiser. 

Auf dem Gelände, auf dem sich das Neue Lager befand, wurde Steinblöcke an den Stellen errichtet, an denen die Baracken standen, die in der letzten Phase des Lagerbestehens und in der Nachkriegszeit zerstört wurden. 

Am 23. Jahrestag der Befreiung des Lagers wurde ein von Wiktor Tołkin entworfenes Denkmal enthüllt. An der Zeremonie nahmen Vertreter*innen der Behörden, der Jugend und Einwohner*innen der Woiwodschaft Gdańsk teil. Das Denkmal besteht aus zwei Teilen. Der vertikale Teil symbolisiert den Kampf und der horizontale Teil das Martyrium. 

Mirosław Gliński, der zuvor die Abteilung Wissenschaft und Forschung des Museums leitete, wurde zum Direktor ernannt und löste damit Tadeusz Matusiak ab, der sein Amt niederlegte. 

Eine Informationstafel und ein Gedenkstein wurden an dem Ort aufgestellt, an dem zur Jahreswende 1944/1945 die Leichen der Verstorbenen oder Ermordeten auf dem Scheiterhaufen verbrannt wurden. 

Janina Grabowska, Absolventin der Fakultät für Geschichte der Pädagogischen Hochschule in Gdańsk, Mitarbeiterin der Wissenschafts- und Forschungsabteilung des Museums Stutthof, wurde zur Direktorin des Museums ernannt. 

Das Kreuz zum Gedenken an das Martyrium der Christen im KL Stutthof wurde zwischen der Gaskammer und dem Krematorium aufgestellt. Der Standort des Kreuzes bezieht sich auf die erste Messe, die 1947 abgehalten wurde. 

Nach dem Rücktritt von Janina Grabowska-Chałka wurde der bisherige stellvertretende Direktor, Romuald Drynko, zum neuen Direktor ernannt.  

Im November 2007 wurde Piotr Tarnowski zum Direktor des Museums Stutthof ernannt. Zuvor war er in der Kanzlei des Premierministers und im Ministerium für Kultur und Nationales Erbe tätig, wo er sich u.a. mit Fragen im Zusammenhang mit Museen und Gedenkstätten des Martyriums befasste. 

Auf Beschluss des Ministers für Kultur und nationales Erbe lautet der vollständige Name des Museums: Museum Stutthof in Sztutowo. Deutsches Konzentrations- und Vernichtungslager der Nazis (1939-1945) und die abgekürzte Bezeichnung lautet Museum Stutthof in Sztutowo.